Para facilitar su estudio, la atmósfera del Sol se dividió en capas fotósfera (zona ligada a su superficie), cromósfera )porción intermedia) y corona (la capa más externa).
La cromósfera es una región relativamente transparente que, durante los eclipses totales de Sol, puede observarse a simple vista como un anillo rosado. Alcanza alturas del orden de los 15.000 km sobre la superficie. Su temperatura varía entre 4.500 ºC en la región cercana a la fotósfera hasta alrededor de 500.000 ºC en la parte superior, donde comienza la corona.
La corona es un débil halo brillante, que corresponde a la parte más alta de la atmósfera solar, que se extiende millones de kilómetros en el espacio. Su luz es tenue (mucho más débil que la de la cromósfera, apenas alcanza a la mitad del brillo que tiene la Luna llena) y sin embargo su temperatura es muy alta, del orden de 1.000.000 º C, La extensión de la corona no tiene un límite preciso y se expande a través de todo el Sistema Solar, aunque el efecto que produce sobre el movimiento de los planetas es nulo. Tal como se la observa en los eclipses totales de Sol, la corona presenta diferencias en su estructura relacionadas estrechamente con el número de manchas solares: cuando el número es máximo la corona muestra una forma circular; en cambio, en el mínimo de manchas, tiende a ser un halo de apariencia alargada hacia la región de los polos.
La energía irradiada por el Sol conduce partículas (atómicas y subatómicas)en todas las direcciones, y esas partículas es lo que se conoce como el viento solar: partículas que se mueven con velocidades entre 400 y 700 km/seg. Muchas de las partículas del viento solar son atrapadas por los planetas y, en el caso de la Tierra, se las observa en las auroras boreales.
Otro fenómeno de la atmósfera solar son las fulguraciones (flares o destellos); se trata de repentinos aumentos de brillo, en zonas ubicadas en las cercanías de las manchas solares. Una fulguración se corresponde con nubes gaseosas que se elevan miles de kilómetros sobre la fotósfera, a una temperatura que puede llegar a los 10.000 ºC. La duración de las fulguraciones es desde algunos minutos hasta varias horas; cuanto mayor es el número de manchas, mayor es la actividad de las fulguraciones.
Otros fenómenos espectaculares observados en el Sol son las prominencias, semejantes a grandes llamaradas que se prolongan hasta enormes alturas sobre la fotósfera. En algunos casos tienen un movimiento circular ascendente y descendente, como armando un gran remolino. Las prominencias se detectan muy bien sobre el borde del disco solar; en los eclipses totales de Sol se las logra ver a simple vista, brillando con un color rojizo contra el fondo blanco de la corona.
NOTA: Cabe mencionar aquí que cuando se desee observar el Sol, es muy importante tener en cuenta algunos detalles, como por ejemplo, no observarlo nunca a simple vista sin una protección adecuada. No es conveniente utilizar anteojos oscuros ni los llamados "ahumados"; se debe emplear entonces una película fotográfica velada, absolutamente negra. El no tener en cuenta esta recomendación puede ocasionar lesiones oculares irreversibles o bien, directamente, la ceguera (tanto total como parcial). Si se observa a través de un telescopio no se debe mirar por el ocular. Lo más conveniente es observar el disco solar proyectado sobre un cartón blanco, o mejor todavía a través de filtros especiales; por medio de esos filtros se pueden llegar a observar las fulguraciones y eventualmente las prominencias.
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